A partir del curso 2010-11, todos los programas de doctorado ofrecidos por la ETSI Informática estarán regulados por el RD 1939/2007, por lo que se encontrarán plenamente integrados en el Espacio de Educación Europeo Superior. A diferencia de los títulos de Grado y de Máster, la gestión de estos programas corre a cargo de los departamentos responsables y del Secretariado de Doctorado.
Actualmente se imparten en la ETSII los siguientes Programas de Doctorado:
