Hay que preparar Eclipse para trabajar con C, pero antes hay que instalar un compilador, el el gcc de GNU y para instalarlo en Windows antes hay que instalar el entorno GNU. Los pasos a seguir vienen detallados en el HowTo: http://max.berger.name/howto/cdt/ar01s03.jsp

1) Instalar MinGW 5.1.6 (Minimalist GNU for Windows) que se descarga de la dirección: http://sourcefourge.net/projects/showfiles.php?group_id=2435  
 Opciones a elegir en la instalación:
- Instalar Current
- Elegir: MinGW basetools, y g++ compiler
- Instalar en c:\MinGW (no cambiar)
- Instalación completa. Reiniciar el equipo
Abrir una consola CMD de windows y ejecutar: gcc --version. Si está bien instalado nos dice la version (gcc ver. 3.4.5)

2) Instalar GDB
- Se instala en c:\mingw (por defecto, para evitar tener problemas).
- Reiniciar el equipo y desde la consola CMD de windows ejecutar: gbd --version. Si está bien instalado nos dice la versión ( gdb 5.1.2)

3) Instalar MSYS
- Buscar el instalable en MSYSBase System -> msys-1.0.11.exe
- Se instala por defecto en c:\msys\1.0
- Configurar las variables de entorno para todos los usuarios.
- Desde la consola CMD de Windows: make --version

4) Instalar un Eclipse sólo con el plugin de C, descargándolo de la dirección:
http://www.eclipse.org/downloads/download.php?file=/tecnology/epp/downloads/release/galileo/SR1/eclipse-cpp-galileo-SR1-win32.zip.

Descomprimir en L:\Eclipse-cdt

Una vez instalado el eclipse, crear el fichero.bat que le corresponda (Eclipse-cdt.bat)

Eclipse-cdt.bat
rem @ECHO OFF
REM Copiar Eclipse+CDT (Galileo) 3.5.1 y descomprimir al disco C:
c:
NET STOP NTRTSCAN
MKDIR "C:\Eclipse-CDT"
COPY L:\Eclipse-CDT.7z "C:\Eclipse-CDT"
CD "C:\Eclipse-CDT"
"\Archivos de programa\7-Zip\7z" x -r -y Eclipse-CDT.7z"
NET START NTRTSCAN
DEL "C:\Documents and Settings\All Users\Escritorio\Instalar Eclipse-CDT.lnk"
COPY "C:\Eclipse-CDT\Eclipse-CDT.lnk" "C:\Documents and Settings\All Users\Escritorio"
EXIT